SDR-seq技术的出现，为我们提供了一个前所未有的新“罗盘”。它不仅能将我们精确地导航到那片森林，还能让我们直接走进每一户人家，亲眼看到他们的炉灶 (基因型) 和锅里煮着的食物 (基因表达)。 SUM-seq作为一项创新的单细胞多组学分析技术，以其前所未有的 ...

本文推荐研究人员开发的pyALRA工具，该Python实现解决了单细胞RNA测序(scRNA-seq)中技术性零值("dropout")的插补问题。通过采用自适应阈值低秩逼近(ALRA)算法，研究证明pyALRA在保持生物学零值的同时，显著提升了计算效率和内存使用率，为Python生态的单细胞分析提供了 ...

循环游离 RNA（cfRNA）是一类存在于血液中的短片段 RNA，被认为来自机体细胞凋亡、组织更新或外泌体释放。然而，cfRNA 易被 RNA 酶降解、含量低、片段短，长期以来它并不被视为液体活检的理想材料。 2025 年 7 月 8 日，芝加哥大学何川教授团队、香港科技大学张 ...

之前整理的一篇大综述 — Nature重磅综述 |关于RNA-seq，你想知道的都在这收到了热烈反响，阅读人数过万。 行文很长，最后精炼下来的文字近三万，适合深度阅读思考。 上次发出时，有读者留言说部分专业名词不理解。为了方便理解和对综述有个概览，特整理了 ...

人类基因组是由约30亿个字符组成的遗传“密码本”，决定细胞和个体发育的命运。该“密码本”中80%的字符能够转录成为“暗物质”核糖核酸（RNA）。这些“暗物质”RNA大多数都是不具有帽子结构的RNA（noncapped RNA，napRNA），且普遍作为非编码RNA（ncRNA）在基因 ...

RNA测序（RNA-seq）在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。RNA-seq帮助大家对RNA生物学的理解会越来越全面：从转录本在何时何地转录到RNA折叠以及分子互作发挥功能等。 1.RNA-seq相关名词详细介绍了RNA seq的专业词 ...

NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析 （Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘 ...

中文标题：ATAC-seq+RNA-seq 联合分析揭示了斜带石斑鱼性逆转过程中染色质的可及性 英文标题：Integration of ATAC-seq and RNA-seq Unravels Chromatin Accessibility during Sex Reversal in Orange-Spotted Grouper (Epinephelus coioides) ...

5月6日，《自然》（Nature）杂志在线发表了题为RIC-seq for global in situ profiling of RNA–RNA spatial interactions 的研究论文。该工作开发了能够捕获细胞内RNA原位高级结构及分子间相互作用位点的RIC-seq新技术，解析了HeLa细胞中mRNA和非编码RNA的构象和组织规律，绘制了全 ...

RNA poly(A)尾巴是成熟的mRNA和lncRNA的重要组成部分，对RNA稳定性和翻译起着重要的调控作用。然而目前的poly(A)尾巴检测技术仍然非常有限。11月22日，中国科学院遗传与发育生物学研究所陆发隆研究组在《自然-通讯》（Nature Communications）发表题为Poly(A) inclusive RNA ...